Dopo la bella vittoria in gara 1, Eugene Laverty si ripete in gara 2 e porta a casa la doppietta nel Gran Premio d’Italia. Sul circuito di Monza, che sembra essere fatto su misura per il pilota irlandese della Yamaha che può festeggiare un weekend d’oro, Laverty conquista la sua seconda vittoria stagionale e in carriera al termine di una corsa che lascerà polemiche importanti per quel che riguarda il campione iridato Max Biaggi. Il pilota romano infatti, mentre conduceva tranquillamente in testa alla gara con un vantaggio sul più immediato inseguitore, Marco Melandri, di oltre 5 secondi a pochi giri dal termine taglia la prima chicane e viene penalizzato dalla direzione di gara con un drive through, un passaggio nei box a velocità limitata, che lo relega in 13esima posizione. Alla fine Max riesce a guadagnare qualcosa transitando sotto la bandiera a scacchi all’ottavo posto ma è furioso per la decisione presa dalla direzione. In effetti la scelta di penalizzare Biaggi sembra troppo dura e fiscale perchè anche se dalla manovra, involontaria, il pilota ha guadagnato qualche decimo (il regolamento penalizza chi riceve un vantaggio di posizione o di tempo) a discapito di Melandri, il distacco comunque era ormai incolmabile vedendo anche la differenza di tempi tra lui e gli inseguitori. Forse serviva maggiore buon senso in questo caso e lasciare a Biaggi la vittoria che sarebbe stata ampiamente meritata.
Negli ultimi giri, con il campione del mondo ormai fuori causa, i due piloti Yamaha Melandri e Laverty infiammano il pubblico di Monza con un duello serrato che vede l’irlandese avere la meglio per un errore proprio all’ultimo curva, alla Parabolica, del ravennate che deve accontentarsi del secondo posto dopo aver accarezzato a lungo il sogno della vittoria in Italia.
Splendido terzo posto per Michel Fabrizio, autore di una gara lodevole e di grande tenacia, esattamente come quella di Noriyuki Haga, che riscatta la brutta prestazione di gara 1, giunto quarto solo ad un decimo dal podio. Bene anche le Bmw di Troy Corser e Ayrton Badovini, quinto e sesto, mentre cade ad inizio gara Leon Haslam insieme a Jonathan Rea. Decimo il leader del Mondiale, il ducatista Checa.
Ordine d’arrivo
| Pos. | Pilota | Team | Tempo |
| 1. |  LAVERTY |
YAMAHA | 31:19.948 |
| 2. |  MELANDRI |
YAMAHA | +0.327 |
| 3. | FABRIZIO |
SUZUKI | +2.466 |
| 4. |  HAGA |
APRILIA | +2.583 |
| 5. |  CORSER |
BMW | +4.502 |
| 6. | BADOVINI |
BMW | +10.865 |
| 7. |  GUINTOLI |
DUCATI | +11.038 |
| 8. | BIAGGI |
APRILIA | +18.724 |
| 9. |  LASCORZ |
KAWASAKI | +20.093 |
| 10. | CHECA |
DUCATI | +20.376 |
| 11. |  SYKES |
KAWASAKI | +21.111 |
| 12. | XAUS |
HONDA | +28.608 |
| 13. | ROLFO |
KAWASAKI | +33.459 |
| 14. | AITCHISON |
KAWASAKI | +42.810 |
| 15. | LAI |
HONDA | +55.759 |
| 16. | BERGER |
DUCATI | RIT |
| 17. | CAMIER |
APRILIA | RIT |
| 18. |  SMRZ |
DUCATI | RIT |
| 19. | HASLAM |
BMW | RIT |
| 20. | REA |
HONDA | RIT |
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